Ο Δρ. Ιωάννης Γκουντής είναι μέλος του Διδακτικού προσωπικού της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου ΝΕΑΠΟΛΙΣ Πάφου (Επισκέπτης Λέκτορας – Ποινικό Δίκαιο) από τον Σεπτέμβριο 2020.
Για το ακαδημαϊκό έτος 2020-2021 του έχει ανατεθεί σε συνδιδασκαλία με τον Καθ. Ιωάννη Μπέκα, σε προπτυχιακό επίπεδο η διδασκαλία των ποινικών μαθημάτων της Ελληνικής κατεύθυνσης σπουδών: Γενικό Ποινικό Δίκαιο Ι-Gr, Γενικό Ποινικό Δίκαιο ΙΙ-Gr, Ειδικό Ποινικό Δίκαιο Ι-Gr, Ειδικό Ποινικό Δίκαιο ΙΙ-Gr, Ποινική Δικονομία Ι-Gr, Ποινική Δικονομία ΙΙ/Ένδικα Μέσα-Gr, Πρακτικά Θέματα Ποινικού Δικαίου και Ποινικής Δικονομίας-Gr και Ποινολογία-Gr, και σε μεταπτυχιακό επίπεδο η διδασκαλία των μαθημάτων: Ποινική αντιμετώπιση του φαινομένου της διαφθοράς και Παγκόσμια Φορολογικά πρότυπα και Οικονομικό Έγκλημα, στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα σπουδών Οικονομικό Έγκλημα και Ποινική Δικαιοσύνη.
Ο Δρ. Ιωάννης Γκουντής εισήχθη το έτος 1997 στο τμήμα Νομικής του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης, από όπου και αποφοίτησε το 2001 με βαθμό «λίαν καλώς» (7.9).
Το ίδιο έτος έγινε δεκτός στο πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών (LL.M.) του Πανεπιστημίου Ludwig-Maximilian στο Μόναχο της Γερμανίας, το οποίο περάτωσε με βαθμό «άριστα», εκπονώντας μεταπτυχιακή εργασία με θέμα «Die Gentherapie in rechtlicher und ethischer Hinsicht», υπό την επίβλεψη του καθηγητή Dr. Ulrich Schroth. Το εν λόγω πόνημα εστίασε στην εξέταση υπό το πρίσμα της ποινικής δογματικής, των ποικίλων ζητημάτων που εγείρονται στο πεδίο της ιατρικής έρευνας και της εφαρμογής νέων θεραπευτικών μεθόδων στον άνθρωπο, όπως επίσης και στη χρησιμότητα της «βιοηθικής», ως γνώμονα για τις σχετικές επιμέρους σταθμίσεις.
Κατόπιν ο Δρ. Ιωάννης Γκουντής έγινε δεκτός από το ανωτέρω ίδρυμα ως υποψήφιος διδάκτορας, προχωρώντας στην εκπόνηση διδακτορικής διατριβής υπό την επίβλεψη του καθηγητή Dr.Dr.h.c.mult. Bernd Schünemann, με τίτλο «Autonomie und strafrechtlicher Paternalismus», η οποία έλαβε το βαθμό «magna cum laude» και δημοσιεύτηκε το έτος 2011. Κεντρικό θέμα του εν λόγω πονήματος υπήρξε η εξέταση της νομιμότητας εκείνων των ποινικών κυρωτικών κανόνων, οι οποίοι αποσκοπούν στην τυποποίηση πράξεων «αυτοπροσβολής». Οι διατάξεις αυτές, γνωστές ως μορφές «πατερναλιστικής» ποινικής νομοθεσίας, τέθηκαν υπό κριτική θεώρηση και αναδείχθηκαν εν τέλει ως «μη συμβατές» με βασικές παραδοχές και θεμελιώδεις αρχές του ποινικού δόγματος. Επιπροσθέτως, ο επιλήψιμος χαρακτήρας αυτών των κυρωτικών κανόνων προσεγγίστηκε και σκιαγραφήθηκε στο πλαίσιο του πονήματος τόσο από τη σκοπιά της φιλοσοφίας όσο και της ιστορίας του δικαίου. Κατά τη δε τελευταία φάση εκπόνησης της διδακτορικής του διατριβής, ο Δρ. Ιωάννης Γκουντής υπήρξε και υπότροφος του προγράμματος υποτροφιών «Stibet» του πανεπιστημίου Ludwig-Maximilian και της DAAD.